El valor cultural de Madidi es igualmente relevante. Dentro del área protegida y en su zona de influencia se encuentran sitios arqueológicos de procedencia preincaica e incaica, que testimonian las raíces histórico-culturales de quienes habitaron en esta región. Madidi ha sido parte del territorio ancestral de los pueblos de origen tacana y leco. La fundación de los pueblos misionales franciscanos y la llegada de grupos de habla quechua configuraron una nueva realidad social, cultural y económica. Las comunidades actualmente asentadas en Madidi son herederas de esas tradiciones culturales y han mantenido sus sistemas de gobernanza y conocimientos de uso de recursos naturales.

La importancia del parque Madidi como espacio cultural se incrementa al estar superpuesto a cuatro tierras comunitarias de origen: San José de Uchupiamonas, Tacana I, Lecos de Apolo y Lecos de Larecaja. Sus experiencias de gestión territorial contribuyen a la conservación de la diversidad biológica y generan oportunidades económicas.

Actualmente, Madidi es uno de los destinos turístico más importantes de Bolivia, que beneficia a iniciativas de comunidades y municipios de la región. Las experiencias de aprovechamiento de especies de la vida silvestre están produciendo resultados importantes, en el marco de la gestión territorial, como es el caso del manejo del lagarto, el incienso y el cacao silvestre y la producción apícola, de café y cacao nativo bajo sistemas agroforestales.