El Parque Nacional Madidi y Área Natural de Manejo Integrado Madidi fue creado con los siguientes objetivos:

• Proteger permanente de muestras de ecosistemas prístinos y de extraordinaria biodiversidad representativos de la Amazonía y los Yungas y de recursos genéticos y especies de importancia para la conservación.
• Proteger formaciones geomorfológicas y paisajes singulares de la cordillera Oriental, serranías subandinas, bosques de piedemonte y de la llanura aluvial.
• Proteger cuencas hidrográficas, en especial de las cabeceras, considerando la elevada pluviosidad que recibe la mayor parte del área, topografía caracterizada por abruptas pendientes y suelos extremadamente frágiles.
• Proteger y resguardar la riqueza cultural de antiguas poblaciones coloniales y de los valores e interés arqueológico del área.
• Promover el uso sostenible de los recursos naturales por parte de las poblaciones que tradicionalmente lo habitan con miras a obtener una mejora de su calidad de vida y acceso a los beneficios derivados de la conservación y manejo del área.
• Contribuir al resguardo del patrimonio cultural y al rescate de las técnicas y sistemas tradicionales de uso de recursos de los habitantes originarios.
• Promover la utilización y recuperación de tecnologías y sistemas tradicionales de uso de recursos, así como formas alternativas que mejoren la producción y contribuyan al mejoramiento de la calidad de vida de la población local.
• Promover actividades productivas en las zonas del área natural de manejo integrado, que se enmarquen en los objetivos de la conservación y del desarrollo sostenible y que demuestren constituir experiencias demostrativas no atentatorias o dañinas a los ecosistemas y sus procesos.
• Brindar amplias oportunidades para la recreación en la naturaleza, el ecoturismo, interpretación ambiental y la educación ambiental.
• Brindar oportunidades para la investigación científica y el monitoreo de procesos ecológicos.